Mata kuliah Ekologi Perairan membahas prinsip-prinsip dasar ekologi yang diterapkan pada ekosistem perairan, meliputi faktor fisik dan kimia, struktur dan fungsi komunitas biota (plankton, bentos, perifiton, nekton, dan neuston), produktivitas, siklus biogeokimia, serta aliran energi dalam rantai dan jejaring makanan. Kajian juga mencakup ekosistem perairan lentik (danau, waduk), lotik (sungai), estuari, dan laut (pantai, mangrove, lamun, terumbu karang, laut lepas), beserta pengaruh pencemaran, eutrofikasi, dan perubahan iklim terhadap keseimbangan ekosistem.