Mata kuliah Pencemaran Perairan membahas sumber, jenis, dan dampak pencemaran terhadap ekosistem perairan serta implikasinya bagi akuakultur dan kesehatan lingkungan. Mahasiswa akan mempelajari mekanisme masuk dan penyebaran polutan di lingkungan perairan, baik air tawar, payau, maupun laut, serta metode pemantauan dan pengendalian pencemaran.
Materi mencakup polutan fisik, kimia, dan biologis, seperti logam berat, nutrien berlebih (eutrofikasi), pestisida, mikroplastik, dan mikroorganisme patogen. Selain itu, dibahas pula teknik remediasi dan pengelolaan kualitas air untuk mendukung keberlanjutan budidaya perairan.